La ultima aventura de Indiana Jones empieza en el desierto del suroeste de Estados Unidos en 1957, en plena Guerra Fría. Indy y su amigo Mac acaban de escapar por los pelos de las garras de unos infames agentes soviéticos en un remoto aeropuerto. El profesor Jones regresa a casa y se entera de que las cosas van de mal en peor. Su mejor amigo, el decano de la Universidad, le dice que muchos sospechan de las ultimas actuaciones de Indy y que el gobierno presiona a la Facultad para que le despidan. Indiana, a punto de irse, conoce a un joven rebelde llamado Mutt que le propone un trato. Así, si el arqueólogo le ayuda a resolver un problema personal, podría hacer uno de los descubrimientos más espectaculares de la Historia.